主要培养能在发酵工程、酶工程、细胞工程、生化工程和微生物制药等领域从事工程设计、生产管理、科学研究和新技术研究及新产品开发的高级工程人才。
本专业涉及到国民经济的许多部门，择业范围较宽，毕业生既可在轻工发酵行业、有关的食品及化工企业、生物制药企业就业，还能胜任高附加值生物制品的研究与开发工作。
本专业注重传统发酵行业基本知识、工程应用能力的培养，学生在校期间获得在生物工程领域内工程师的基本训练，能在科研机构、高等院校和企业从事设计、生产、管理、新技术和新产品开发应用工作，并结合学生考研需求，有更深入的理论学习。
主干课程包括生物化学、微生物学、化工原理、发酵工艺原理、生物分离工程、生物工程设备、蛋白质与酶工程、生物制药、工厂设计等。